نمایندگان مجلس شورای اسلامی در جریان بررسی طرح اصلاح موادی از قانون تشکیلات، وظایف و انتخابات شورا‌های اسلامی کشور و انتخابات شهرداران، با توجه به نظر شورای نگهبان، تغییرات مختلفی ایجاد کردند. در نشست علنی روز چهارشنبه ۱۵ اسفند، نمایندگان متن مورد نظر را در بخش‌های مختلف اصلاح نمودند.
۱- در ماده ۲۰ مکرر ۴ الحاقی، بخشی به انتهای بند ۲ اضافه شد که شامل توضیحات جدید در مورد محاسبه سهم نامزدهای منفرد از کل آرا است.
۲- در بند ۳ این ماده، توضیحات جدیدی اضافه شد که نحوه توزیع کرسی‌ها میان فهرست‌ها و نامزدهای منفرد را شرح می‌دهد.
۳- برای رفع ایراد شورای نگهبان، بند ۵ این ماده نیز اصلاح شد. در ماده ۳۵، عبارت «اولین جلسه شورا» به جای عبارت «تبلیغات انتخاباتی» به کار رفت و در تبصره‌های مربوط با اضافه شدن واژه‌هایی مانند «جدید» و «یا فقدان شرایط»، متن مشروح‌تر شد.
۴- در ماده ۵۴، بند ۱ با حذف و اضافه عبارت‌هایی مانند «و تبصره آن» و «و عبارت تبصره ماده (۷۸) این قانون» اصلاح شد. در بند الف جزء ۲ نیز عبارت‌هایی مانند «و قانون اساسی» حذف و جزء‌های جدیدی اضافه گردید.
۵- نمایندگان متن ماده ۵۵ را با تعویض عبارت «سازمان امور عشایر ایران (سازمان پیشرفت و آبادانی روستاها و امور عشایری)» با عبارت «سازمان پیشرفت و آبادانی روستاها و امور عشایری» اصلاح کردند.
۶- برخی از بخش‌های ماده ۵۸ نیز به منظور رفع ایراد با نظر رئیس مجلس، قالیباف، به کمیسیون شوراها و امور داخلی ارجاع شد تا مشکلات و وظایف شهرداران بهتر مورد بررسی قرار گیرد.
۷- در ماده ۶۲، تبصره‌های ۳ و ۴ الحاقی با اصلاح عبارت‌هایی مانند «دستگاه‌های مرتبط» و «هیأت‌های حل اختلاف» به ترتیب جایگزین شد.
۸- ماده ۶۴ با رأی ۲۱۴ موافق، ۹ مخالف، و ۸ ممتنع از مجموع ۲۵۶ نماینده حاضر، اصلاح شد. در این ماده، تبصره‌های جدیدی به ماده ۹۲ قانون الحاق شدند.
۹- ماده ۶۵ هم با رأی ۲۲۳ موافق، ۳ مخالف، و ۱۰ ممتنع از مجموع ۲۵۰ نماینده حاضر، اصلاح گردید. در این ماده، تبصره‌های جدیدی به ماده ۹۳ قانون الحاق شدند.
تنها توافق برای اجرای این اصلاحات، حفظ نظم و قانون در انتخابات و عملکرد شوراها و شهرداران بود.