پرونده مربوط به دخل و تصرف در اموال عمومی توسط سازمان هواپیمایی کشور به دادسرای دیوان محاسبات کشور ارجاع شده است. طبق گزارش اداره کل روابط عمومی و امور بین‌الملل دیوان محاسبات کشور، با وجود اwitام‌هایی که این نهاد نظارتی در مورد رعایت قوانین و مقررات مرتبط با شناسایی درآمدها داده بود، سازمان هواپیمایی کشوری در سال ۱۴۰۳، با تصمیم شورای معاونین توسعه مدیریت واحد‌های تابعه وزارت راه و شهرسازی، خدمات رفاهی برای کارکنان این وزارتخانه را از طریق چند شرکت هواپیمایی غیردولتی ارائه کرد. این اقدام به‌عنوان تهاتر غیرقانونی منابع درآمدی با بخشی از هزینه‌های رفاهی کارکنان و مغایر با ماده ۶۰ قانون الحاق (۲) تلقی می‌شود و منجر به عدم وصول به‌موقع مطالبات دولت به میزان حدود ۲۰۰۰ میلیارد تومان شده است.

دیوان محاسبات کشور اعلام کرده است که کلیه معاونین توسعه مدیریت واحد‌های تابعه وزارت راه و شهرسازی باید در خ.fx مهلتی متمایز نسبت به واریز مستقیم هزینه‌های انجام شده به حساب شرکت‌های هواپیمایی اقدام کنند و سازمان هواپیمایی کشوری نیز باید در راستای ماده ۳۷ و ۴۰ قانون محاسبات عمومی نسبت به وصول مطالبات معوق از شرکت‌های هواپیمایی کار کند.