در بخشی از خاطرات مربوط به روز سیزدهم خرداد ماه سال 1368، آیت الله هاشمی رفسنجانی نوشته است: «ساعت 3 بعدازظهر، احمدآقا تلفنی اطلاع داد که وضعیت امام ارام و وخیم شده و باید به سرعت به جماران بروم. به عجله به جماران رفتیم. در آنجا تنفس امام طبیعی بود، اما او به زحمت نفس می‌کشید.»
به گزارش جماران، در دوم خرداد ماه 1368، پزشکان تصمیم گرفتند امام خمینی (س) را مورد عمل جراحی قرار دهند. این عمل موفق بود و پزشکان راضی از نتایج آن شدند.
آیت الله هاشمی رفسنجانی، ضمن اهمیت نشانه‌هایی از آتش بس در حین جنگ و احتمال استفاده‌ی دشمن از خلأ رهبری، می‌نویسد: «بعد از نماز، به بیمارستان رفتم و سپس به مجلس. هر چه می‌آمد، اضطرابم رشد می‌یافت. ساعت 3 بعدازظهر، احمدآقا اطلاع داد که وضعیت امام وخیم شده و باید به سرعت به جماران بروم.»
سپس با اسرع وقت به جماران رفت و می‌افزاید: «تنفس امام طبیعی بود، اما او به زحمت نفس می‌کشید. فقط یک بار چشم باز کرد و بست. دکترها با ماساژ قلب، شوک برقی و تنفس مصنوعی آن را به حالت اول برگرداندند. تا ساعت 10:20 شب پزشکان این فرآیند را ادامه دادند، اما مغز امام کار نمی‌کرد. تنفس طبیعی او مدت کوتاهی ادامه یافت و سپس متوقف شد.»
آیت الله هاشمی رفسنجانی به عمق رنج و ناراحتی خود اشاره می‌کند و می‌گوید: «همه جا را سیاه می‌دیدم. در این میان در مورد نحوه اعلام خبر فوت، برنامه‌های اداره کشور و انتخاب رهبر مشورت کردیم. تصمیم گرفتم اعضای خبرگان را فراخوانی کنیم تا تا فردا صبح به تهران برسند و اعلام فوت را به پس فردا موکول کنیم.»
در ادامه، به توضیح برنامه‌ای برای اعلام خبر و مدیریت وضعیت پس از فوت امام خمینی (س) اشاره می‌کند و می‌افزاید: «شکستن خبر رونق را همزمان با انتصاب رهبر جدید انجام شد. من حاضران را به صبر دعوت کردم و برنامه را برای اینکار توضیح دادم. همه پذیرفتند و آرام گرفتند.»
در پایان، از حضور و صبر خانم‌های بیت امام خمینی (س) نیز یاد کرده است: «تقریباً تا ساعت 12 شب برای تنظیم برنامه‌ها ماندیم. به خانه برگشتم و با مصرف قرص آرام‌بخش خوابیدم، که قبل از آن هرگز از آرام‌بخش استفاده نکرده بودم.»
این بخش از کتاب «امام خمینی (س) به روایت آیت الله هاشمی رفسنجانی»، صفحه 423.