در پست اینستاگرامی که احمد خمینی منتشر کرده است، از حضور سید محمد خاتمی در بیت امام خمینی (ره) یاد شده است. او می‌نویسد: “عصر امروز، جناب آقای سید محمد خاتمی در بیت حضرت امام حضور یافت.”
برای کسانی که با دکتر خاتمی آشنا هستند، این حضور به یادگرد روابط عمیق و طولانی مدت میان او و مرحوم حجت‌الاسلام احمد خمینی می‌آید. این روابط از همکاری‌های نزدیک در دوران مخالفت با نظام پهلوی تا نگارش پیام تاریخی ارتحال امام خمینی که در آن نوشته‌است: “روح خدا در کالبد زمان بود؛ روح خدا جاودانه است”، مشهود است.
دیدار ایشان برای احمد خمینی، پربار، صمیمی و افتخارآمیز بوده است. او می‌گوید که آقای خاتمی برای او و نسل او، نمادی از روشنفکری، اخلاق محوری و روزآمدی اندیشه‌های امام خمینی (ره) است. سید محمد خاتمی به‌طور مداوم سعی کرده است تا روح انقلاب را با زبان زمانه، زنده نگهدارد.
او همچنین هر سال در سالگرد اتمام ایام امام، با وفاداری و احترام، برای عرض تسلیت به خانم خمینی مراجعه می‌کرده است، و خانم خمینی نیز همواره از او با کمال محبت و تقدیر یاد می‌کرده است.