یکی از نمایندگان دوره ششمه مجلس، با اشاره به مفقود شدن برخی از اسناد تاریخی از کتابخانه، موزه و مرکز اسناد مجلس، سؤال مطرح کرده است که آیا این اسناد، از جمله توبه‌نامه محمدعلی‌باب و وصیت‌نامه مظفر بقایی، در این مرکز باقی مانده‌اند یا ناپدید شده‌اند؟ او احتمال انتقال این اسناد به خارج را نیز مطرح کرده است.
محمد محمدرضایی، نماینده بیجار در دوره ششمه مجلس، در این باره اظهار نظر کرده و از طرف گروهی موسوم به جنبش مردمی مبارزه با فساد، اسنادی منتشر شده است که به تقاضاهایی برای تحقیق در کتابخانه، موزه و مرکز اسناد مجلس مربوط می‌شود. او به مدارکی اشاره کرده که حاوی نامه‌های هیئت رئیسه مجلس و رئیس کمیسیون فرهنگی آن زمان هستند. با این حال، نتایج تحقیق‌های کمیسیون فرهنگی را نشان نداده‌اند.
محمدرضایی بیان کرده که کمیسیون فرهنگی مجلس ششم تحقیق در زمینه سایر مسائلی انجام داده، اما ناراحتی از عدم توجه آن‌ها به تحقیق در مورد نگهداری اسناد تاریخی را مطرح کرده است. او همچنین از مفقود شدن اسناد مهمی از جمله توبه‌نامه محمدعلی‌باب و وصیت‌نامه مظفر بقایی یاد کرده است.
وی همچنین اشاره کرده که در پاسخ به سؤالات رسانه‌ای، محسن کوهکن، کارپرداز فرهنگی دوره هفتم مجلس، تعهد داده بود اگر اسنادی کم شده باشند، این موضوع اعلام خواهد شد. با این حال، اطلاعات دقیقی درباره مقصود این اسناد ارائه نگردیده و موضوع همچنان در هاله‌ای از ابهام قرار دارد.
محمدرضایی همچنین در زمینه بررسی کارنامه یک نفر که سوابق قضایی داشت و در دوره‌های مختلف در سمت‌های مختلفی مشغول به کار بوده، از جمله مدیرکل تعاون در یکی از استان‌ها، تا عهدت‌دار اداری-مالی کتابخانه و مرکز اسناد مجلس شده است، توضیحاتی ارائه کرده است. او به موارد مربوط به اختلاس‌ها و جعل اوراق مالی اشاره کرده و از عدم شفافیت در رسیدگی به این پرونده‌ها انتقاد کرده است.