ستاد کل نیروهای مسلح در بیانیه‌ای هرگونه شبهه‌افکنی درباره چگونگی و علت شهادت آیت‌الله سیدابراهیم رئیسی و همراهانش را رد کرده و اظهارنظرهای غیرمسئولانه در این زمینه را ناشی از ناآگاهی یا اهداف خاص دانسته است.
در این بیانیه آمده است که اخیراً در فضای مجازی و برخی محافل، ادعاهایی درباره علت شهادت آیت‌الله رئیسی مطرح شده که با واقعیت فاصله دارد و به نظر می‌رسد این اظهارات یا ناشی از بی‌اطلاعی است یا با اهداف خاصی بیان می‌شود. ستاد کل نیروهای مسلح با اشاره به سه گزارش رسمی که حاصل بررسی‌های دقیق کارشناسی و تحقیقات فنی و میدانی در سطح ملی و محلی است، تأکید کرده که علت سانحه سقوط بالگرد حامل آیت‌الله رئیسی و همراهانش، صرفاً شرایط پیچیده جوی و جغرافیایی منطقه بوده است.
در گزارش نهایی این ستاد، هیچ‌یک از گمانه‌زنی‌ها مانند نقص فنی، خرابکاری، ترور، انفجار یا جنگ الکترونیک تأیید نشده است. از این رو، از رسانه‌ها، اشخاص حقیقی و حقوقی و نمایندگان مجلس شورای اسلامی درخواست شده است که از اظهارنظرهای غیرکارشناسی و احساسی خودداری کنند، چرا که اینگونه اظهارات تنها باعث تشویش اذهان عمومی و سوءاستفاده دشمنان می‌شود.
همچنین انتظار می‌رود دستگاه قضایی به عنوان مدعی‌العموم، با افرادی که امنیت روانی جامعه را برهم می‌زنند، برخورد قانونی کند.