ستاد کل نیروهای مسلح در بیانیه‌ای رسمی، هرگونه شبهه‌افکنی درباره چگونگی و دلایل شهادت آیت‌الله سیدابراهیم رئیسی و همراهانش را رد کرد. در این بیانیه تأکید شده است که اخیراً در فضای مجازی و برخی محافل، ادعاهایی مطرح شده که با واقعیت فاصله دارد و به نظر می‌رسد ناشی از بی‌اطلاعی یا اهداف خاصی باشد.
بر اساس سه گزارش رسمی ستاد کل نیروهای مسلح، که پس از بررسی‌های دقیق کارشناسی و تحقیقات فنی و میدانی در سطح ملی و محلی تهیه شده، علت سانحه بالگرد حامل آیت‌الله رئیسی و همراهانش، تنها شرایط پیچیده جوی و جغرافیایی منطقه بوده است. این گزارش‌ها هیچ‌یک از گمانه‌زنی‌ها مانند نقص فنی، خرابکاری، ترور، انفجار یا جنگ الکترونیک را تأیید نکرده‌اند.
ستاد کل نیروهای مسلح از رسانه‌ها، اشخاص حقیقی و حقوقی و نمایندگان مجلس شورای اسلامی درخواست کرده است که از اظهارنظرهای غیرکارشناسی و احساسی خودداری کنند، چرا که اینگونه اظهارات تنها موجب تشویش افکار عمومی و سوءاستفاده دشمنان می‌شود. همچنین از دستگاه قضایی خواسته شده است تا با افرادی که امنیت روانی جامعه را برهم می‌زنند، برخورد قانونی کند.